Dokážeme pomocí sekvenování nové generace lépe predikovat relaps u dětských akutních lymfoblastických leukémií? Rozhovor s MUDr. Michaelou Kotrovou, autorkou nejlepší publikace (dle impakt faktoru) studentů prezenčního doktorského studia za rok 2015.
O čem publikace The predictive strength of next-generation sequencing MRD detection for relapse compared with current methods in childhood ALL (odkaz na článek v plném znění naleznete zde) pojednává?
Naše publikace ukazuje, jak je možné detekovat minimální reziduální (zbytkovou) nemoc (= podíl leukemických buněk v kostní dřeni nebo periferní krvi pacienta) pomocí sekvenování nové generace (NGS) a srovnává takto detekovanou reziduální nemoc s hladinami detekovanými na základě kvantitativní PCR (qPCR), což je metoda používaná na současných léčebných protokolech. Hlavní výhoda NGS spočívá v tom, že je rychlejší, jednodušší na provedení a levnější. Podařilo se nám prokázat, že zbytková nemoc detekovaná pomocí NGS lépe definuje pacienty, u kterých nedojde k relapsu onemocnění.
Blood, ve kterém článek vyšel, je s IF 10.45 nejcitovanější „peer-reviewed“ časopis v oblasti hematologie. Jaká byla cesta k přijetí publikace do tak významného periodika?
Naši práci jsme poprvé poslali do Bloodu v listopadu 2014 a přijali nám ji až v červenci 2015, z čehož je vidět, že úplně hladce to nešlo. Vytýkali nám především malý počet pacientů (to se jim to říká, když v USA mají za rok tolik dětí s ALL, kolik my v Čechách za třicet let!). A to jsme měli vyšetřeno přes 200 vzorků, což z mého pohledu není v případě metody, která nebyla dosud publikována, málo. Navíc jediná další práce na podobné téma, která v té době byla publikována, byla na ještě méně pacientech a poslali ji do Bloodu až po nás, ale byli to Američané, tak to najednou nevadilo… bylo to k vzteku! (úsměv) Ke konci už to vypadalo, že nám článek opravdu nevezmou. V tu chvíli už jsem měla předvyplněné podání do Haematologica, odkud nám po mé přednášce na konferenci EHA (European Hematology Association) nabídli, jestli nechceme naše data publikovat právě tam. Nakonec to ale vyšlo v Bloodu a já jsem za to moc ráda!
Čím se momentálně v práci zabýváš a proč sis toto téma vybrala? Co je pro tebe největší výzvou?
Téma své doktorské práce si člověk moc vybrat nemůže. Dělá prostě to, co mu řekne jeho školitel. Já jsem chtěla jít do CLIPu, protože se mi líbily jejich přednášky a myslela jsem si, že je to tam fajn (a myslím si to pořád). A pak jsem se věnovala tématu, které mi vymysleli. Teď pracuji dále na projektu zabývajícím se detekcí MRN pomocí NGS: rozšířili jsme metodiku detekce a chceme ji použít u pacientů po transplantaci kostní dřeně. Kromě toho trávím hodně času analýzou a interpretací dat ze sekvenování exomů. To je poměrně nová metoda, umožňující „přečíst“ v podstatě veškerou kódující DNA. Není to snadné, přístup k analýze a interpretaci těchto dat se neustále vyvíjí, ale moc mě to baví. Zatím všechno dělám pod vedením zkušenějších kolegyň (NGS MRN s Evou Froňkovou a exomy s Markétou Kubričanovou Žaliovou), takže výzvou pro mě je se zdokonalit tak, abych dokázala pracovat úplně samostatně.
Studuješ kombinovaný MD/Ph.D. program. Proč ses pro něj rozhodla a jak náročné je skloubit dohromady obě části?
Rozhodla jsem se pro něj proto, že jsem si tehdy (naivně) myslela, že když budu dělat dvě věci najednou, ušetřím si tím čas a na konci ze mě bude klinik i vědec. A není ze mě ani jedno. Do skutečného vědce mám ještě, myslím, daleko a budu se toho muset ještě hodně naučit, abych si tak mohla říkat. A co se týká kliniky: neměla jsem zatím dostatek času se tomu opravdu věnovat. Takže jsem si to sice vyzkoušela, ale myslím, že kdybych o sobě řekla, že jsem klinik, dělali by si z toho kolegové legraci (úsměv).
Plánuješ se věnovat víc vědě, klinice, nebo kombinovat oboje?
To se podle mě nedá plánovat. Teď bych se ještě ráda věnovala spíše té vědecké části a pak uvidím, jaké budu mít možnosti.
Na podzim jsi úspěšně složila státní doktorskou zkoušku. Co ještě ti zbývá k absolvování doktorského studia, které jsi zahájila v říjnu 2012?
Chybí mi už jenom najít svůj ztracený index a napsat a obhájit disertační práci.
Už máš konkrétní plány, co dál, až dokončíš Ph.D.?
Ano, chtěla bych jít na postdoc do opravdu dobré laboratoře, abych se ještě něco naučila a zjistila, jak se dělá věda taky někde jinde než v CLIPu. Už to začíná mít i konkrétnější obrysy, ale zatím to není jisté, takže o tom ještě nechci mluvit.
Co bys na základě vlastní zkušenosti poradila medikům, kteří se rozhodují, jestli pokračovat v doktorském studiu? Jsi ráda, že sis tuto cestu vybrala, nebo by ses dnes rozhodla jinak?
Já jsem taky po medicíně váhala, ale teď jsem moc ráda, že jsem se pro Ph.D. rozhodla. Medikům bych poradila, ať jdou do toho. Je ale extrémně důležité dobře si vybrat školitele. Já jsem měla štěstí: mám super školitelku, která má dobré nápady a umí dotahovat věci do konce (děkuji, Evo!).
