- Obhajobu zahájí zpravidla předseda komise, který přivítá všechny přítomné a seznámí je s průběhem jednání. Představí jednotlivé členy komise a předá slovo školiteli.
- Školitel představí doktoranda.
- Doktorand přednese hlavní teze své disertační práce (15, max. 20 minut).
- Oponenti přednesou posudky (v případě nepřítomnosti oponenta přečte posudek předsedající nebo jiný stanovený člen komise pro obhajoby).
- Doktorand zaujme stanovisko k posudkům oponentů, zodpoví jejich dotazy.
- Předseda zahájí veřejnou rozpravu, které se mohou zúčastnit všichni přítomní.
- Doktorand zodpoví všechny dotazy účastníků z pléna i z komise (rozpravu ukončuje předseda komise).
- Po uzavření veřejné rozpravy vyloučí předsedající z jednání všechny hosty včetně doktoranda a zahájí neveřejné zasedání komise, kterého se mohou zúčastnit členové komise pro obhajoby disertačních prací, oponenti a školitel (pokud jsou členy zkušební komise).
- Komise zhodnotí průběh obhajoby a rozhodne o výsledku tajným hlasováním.
- Následně předseda komise oznámí výsledek hlasování veřejně doktorandovi.
- Předseda poděkuje všem přítomným a jednání uzavře.