Nejdůležitější klinickou základnu 2. lékařské fakulty pro výuku medicíny tvoří Fakultní nemocnice v Motole, která patří mezi lídry českého zdravotnictví v oblasti všeobecné i specializované péče. Nemocnice poskytuje základní, specializovanou a super specializovanou zdravotní péči a služby v lékařských oborech, formou ambulantní a lůžkové péče pro děti, dospělé a seniory, má přes dva tisíce lůžek, ambulantně ošetří více než 750 tisíc pacientů a hospitalizuje přes 70 tisíc pacientů ročně. Tato největší česká nemocnice navíc prošla v uplynulých letech rozsáhlou modernizací a disponuje zázemím hodným 21. století.

Další prezentace pracovišť naleznete na YouTube kanálu FN Motol.

Výuka probíhá i na dalších prestižních pracovištích.