Většina teoretických a preklinických ústavů 2. lékařské fakulty sídlí v Kampusu Plzeňská na Plzeňské ulici. Fakulta tyto prostory získala po sametové revoluci, do roku 1989 sloužily jako vojenské cvičiště. Spodní část celého areálu patří Českému vysokému učení technickému a horní část je ve vlastnictví Univerzity Karlovy.
První z nových budov teoretických a preklinických ústavů, které se díky jejímu tvaru a výraznému žlutému schodišti začalo přezdívat „Žížala“, nahradila původní budovy v létě 2011. (Je označena jako B.) Při procházce narazíte na histologické patro (sídlí zde Ústav histologie a embryologie), které má dvě odpočívadla: jedno vymalované eozinofilně, druhé hematoxylinově – aby studenti studovali v krásné atmosféře.
V září 2019 byla otevřena další část, budova C, která na budovu z roku 2011 navazuje. Fakulta tak získala vlastní Ústav anatomie. Ten disponuje špičkovým vybavením, mimo jiné zde naleznete 16 pevných pitevních stolů, 12 prostorných nerezových kádí s dolní výpustí pro konzervaci a skladování těl dárců, velkokapacitní chladicí a mrazicí box pro dočasné uložení těl dárců, operační sál vybavený dvěma rentgen-transparentními polohovatelnými operačními lůžky pro výuku klinické, chirurgické a aplikované anatomie, ultrazvuk s pěti sondami pro vyšetřování na tělech dárců i dobrovolnících, virtuální pitevní stůl, audiovizuální vybavení celého pitevního traktu, 3D tiskárnu pro tisk kostí a výukových modelů a moderně řešené zázemí (sprchy, dezinfekce, filtry). V budově C dále sídlí Ústav biofyziky, Ústav farmakologie, Ústav fyziologie, Ústav neurověd a Ústav patologické fyziologie.
Poslední z budov areálu teoretických a preklinických ústavů na Plzeňské, označená jako A, byla otevřena v říjnu 2022, čímž čtrnáct let trvající výstavba skončila. V jejím druhém patře se nacházejí učebny pro 20 až 60 osob, ve třetím patře posluchárna pro 200 osob a učebny pro 40 až 60 osob, ve čtvrtém patře pak konzultační místnosti a slunná terasa. Do nových prostor se přemístily Ústav epidemiologie, Ústav jazyků nebo Ústav etiky.
