Molekulární a buněčná biologie, genetika a virologie

Charakteristika studijního programu

Studijní program si klade za cíl studentům poskytnout především pokročilé teoretické i praktické znalosti v oblastech molekulární a buněčné biologie, genetiky a virologie, seznámit je s moderními metodickými i technickými přístupy využívanými v daných oborech a s možnostmi jejich uplatnění při řešení aktuálních problémů v biologických vědách a biomedicíně včetně interdisciplinárních přesahů. Toto zaměření lze charakterizovat jako studium biologických procesů na molekulární a buněčné úrovni, zvláště komplexních interakcí mezi buňkami a prostředím a mezi informačními biologickými makromolekulami (DNA, RNA, proteiny), a to za použití nejmodernějších molekulárně biologických a bioinformatických přístupů a technik. 

Podmínky přijímacího řízení specifické pro studijní program

Podmínky a průběh přijímacího řízení pro kombinovanou formu studia jsou stejné jako podmínky pro prezenční formu.

Doporučujeme předem kontaktovat potenciálního školitele a konzultovat s ním vhodnou formu přípravy na přijímací pohovor. Každý studijní program má svá specifika, proto vám školitel může pomoci při přípravě na přijímací zkoušku (pohovor).

Témata disertačních prací

Uchazeč si zvolí předběžné téma individuálně (případně může využít témat vypsaných níže, výběr se na ně však nemusí omezovat) a kontaktuje potenciálního školitele. Společně s ním konzultuje zvolené téma a dohodne se na jeho přesnější specifikaci. V případě nejasností doporučujeme kontaktovat rovněž předsedu OR. Ten mu může podle potřeby doporučit konzultovat téma i s dalším specialistou podle zaměření zamýšleného projektu. 

Pokud uchazeč neví, jaké téma/jakého školitele si zvolit, kontaktuje předsedu OR, s nímž konzultuje vhodné téma a potenciálního školitele. 

Tato volba je předběžná, přijímací komise může po konzultaci s uchazečem navrhnout jiného školitele.

Vypsaná témata

Školitelé studijního programu

Každý školitel musí být schválen OR. Kritéria pro přijetí nových školitelů si určuje OR. Pokud navrhovaný školitel není dosud schválen OR, musí tak být učiněno nejpozději do zápisu uchazeče do studia (za předpokladu, že uchazeč bude přijat). Seznam školitelů schválených OR naleznete zde. Po rozkliku se zobrazí pracoviště školitele a kontakt na něj.

Požadavky v průběhu studia

Studijní povinnosti pro prezenční i kombinovanou formu studia jsou stejné.

Student musí absolvovat alespoň jeden odborný předmět/kurz z nabídky PřF UK nebo LF UK (včetně předmětů zajišťovaných spolupracujícími institucemi) s vazbou k tématu  disertační práce a v závislosti na svých odborných potřebách (výběr po dohodě se školitelem). Splnění této povinnosti je podmínkou pro podání přihlášky ke SDZ.

Další studijní povinnosti mohou být případně stanoveny vnitřními předpisy fakulty a jejich splnění může být pro studenta fakulty další podmínkou pro podání přihlášky ke SDZ, pokud je tak v těchto předpisech explicitně uvedeno (např. zkouška z anglického jazyka, Vědecká konference atd.). OR rada však zkoušku z anglického jazyka nepožaduje. Dle Opatření děkana 2/2024 je povinná účast na Vědecké konferenci pro všechny studenty DSP na 2. LF UK. VK se studenti zúčastňují zpravidla ve 4. ročníku (případně i znovu v 6. a 8. ročníku pokud studium prodlužují).

Kromě toho se předpokládá aktivní účast studenta na národních a mezinárodních konferencích (včetně různých typů pravidelných doktorandských konferencí pořádaných fakultou/školícím pracovištěm; účast na konferenci tohoto typu může být i povinnou součástí ISP, pokud to vyžadují vnitřní předpisy fakulty/školícího pracoviště). Doporučeno je rovněž aktivní zapojení studenta do přípravy grantových projektů školícího pracoviště.

Požadavky na absolvování stáží

Student by měl v průběhu studia absolvovat  odbornou stáž v zahraničí (celková délka alespoň jeden měsíc). O jejím zařazení do ISP rozhoduje především školitel a její realizace závisí na možnostech daného školícího pracoviště. Pokud stáž nelze zajistit, student se zapojuje do mezinárodní spolupráce jiným způsobem v souladu se standardy studijních programů na UK.

Vypsané kurzy

Požadavky ke SDZ

K SDZ je nutno se přihlásit nejpozději během třetího ročníku studia, v případě neúspěchu při prvním pokusu o SDZ je nutné se k opakovanému pokusu přihlásit nejpozději během následujícího roku studia (doktorand má nárok pouze na tyto dva pokusy o SDZ).

Termíny SDZ pro aktuální akademický rok naleznete zde.

Před přihlášením se k SDZ musí mít doktorand splněnou alespoň jednu studijní povinnost uvedenou v ISP (ostatní povinnosti zapsané v ISP je nutné splnit do konce studia, tj. předtím, než je podána přihláška k obhajobě disertační práce). Není však vyžadováno, aby doktorand před přihlášením se k SDZ již byl autorem nebo spoluautorem publikací v IF časopisech.

Průběh SDZ

SDZ probíhá ústní formou a je přizpůsobena konkrétní výzkumné tématice doktoranda. Skládá se ze dvou okruhů, přičemž tyto okruhy závisejí na zaměření doktorské disertační práce.

První okruh SDZ je plně volitelný a měl by přímo souviset s problematikou doktorské disertační práce. Před podáním přihlášky k SDZ se doktorand musí spojit s příslušným fakultním koordinátorem DSP MBBGV, a musí si od něj nechat tento okruh odsouhlasit. Doktorand koordinátorovi e-mailem zašle pokud možno 2–3 návrhy na tento okruh (v pořadí, které by preferoval); okruh ale rozhodně nesmí být nazván doslova tak, jako je nazvána disertační práce (tedy ne např. okruh typu „Úloha modifikace proteinu AAA na aminokyselině BBB v regulaci signalizační dráhy CCC v souvislosti s opravami poškození DNA v ledvinách pacientů s XXX syndromem“, ale je akceptovatelný např. okruh „Buněčná signalizace a její regulace“, „Poškození a reparace DNA u savců“, „Proteinové modifikace a jejich vliv na genovou expresi“ apod.). 

Druhý okruh SDZ je částečně volitelný: doktorand si musí vybrat jeden z následujících oborů: Molekulární biologie, Buněčná biologie, Genetika nebo Virologie. 

SDZ obvykle trvá cca hodinu. Doktorand si připraví a na počátku SDZ přednese stručnou prezentaci o dosavadním průběhu své disertační práce. V této prezentaci musí představit současné teoretické znalosti o příslušném tématu a zasadit téma do širšího kontextu (musí být zřejmé, že doktorand má o své problematice již něco nastudováno), dále stručně uvede konkrétní cíle práce, hypotézy, které testuje, metodické přístupy, které přitom používá nebo hodlá používat, a může případně představit a interpretovat i nejdůležitější výsledky, které již získal. Celý referát však nesmí trvat déle než 15–18 minut.

SDZ dále pokračuje otázkami týkajícími se prvního, plně volitelného okruhu, který je nejdůležitější částí SDZ. Komise klade doktorandovi otázky, které se mohou vztahovat k přednesené prezentaci, k doktorandovým publikacím na dané téma, k informacím, které o postupu práce doktorand poskytl OR v rámci pravidelného výročního hodnocení ISP, a zejména otázky v rámci širšího kontextu studované problematiky, zahrnuté v rámci vybraného okruhu. Doktorandi musí během této části prokázat detailní a aktuální znalosti v oblastech souvisejících s tématem jejich doktorské práce, a to včetně přesahových témat a znalostí principů, možností a omezení metodických přístupů, které s jejich výzkumem souvisí. Očekává se, že doktorandi v průběhu této části zkoušky jednoznačně potvrdí schopnost postihnout podstatu problému, dokáží jej zařadit do širších souvislostí a zejména prokáží schopnost tvůrčího uvažování.

V rámci druhého, částečně volitelného okruhu SDZ se od doktorandů očekává dobrý všeobecný teoretický přehled ve zvoleném oboru, a to alespoň na úrovni absolventů magisterského studia PřF UK v Praze (navazující magisterský studijní program Genetika, molekulární biologie a virologie). Tyto znalosti jsou tematicky pokrývané sylaby určitých přednášek (případná doporučená studijní literatura je uvedena přímo v SIS u jednotlivých přednášek, jedná se především o „základní“ vysokoškolské učebnice pro příslušné obory, prezentace z přednášek apod.).

V případě Molekulární biologie se předpokládají znalosti pokrývané přednáškami Základy molekulární biologie, Molekulární biologie, Pokroky molekulární biologie a Metody v molekulární a buněčné biologii.

V případě Buněčné biologie se předpokládají znalosti pokrývané přednáškami Biologie buňky, Fyziologie buňky a Struktura a funkce biologických membrán.

V případě Genetiky se předpokládají znalosti pokrývané přednáškami Genetika, Genetika člověka, Genomické metody a Epigenetika.

V případě Virologie se předpokládají znalosti pokrývané přednáškami Virologie – systémy na molekulární úrovni, Viry a imunitní systém hostitele, Pokroky v molekulární virologii, Viry a nádory, Patogeneze, epidemiologie a diagnostika vybraných virových onemocnění lidí a zvířat nebo Medical Virology and Viral Pathogenesis (Medicinální virologie a virová patogeneze).

Zkušební okruhy k SDZ

Požadavky na publikační činnost

Hlavním požadavkem na tvůrčí činnost je samostatné provedení vlastní, originální a kvalitní vědecké práce, jejímž výstupem musí být alespoň dvě původní vědecké publikace týkající se tématu dizertační práce a publikované v průběhu doktorského studia. Z toho alespoň u jednoho publikačního výstupu typu „původní článek“ musí být doktorand prvním autorem a musí mít na jeho vzniku významný podíl. Publikační výstupy musí být v časopisech s recenzním řízením indexovaných v databázích obecně uznávaných mezinárodní vědeckou komunitou (Web of Science, tzv. impaktované časopisy). Ve výjimečných a odůvodněných případech (např. při získání vysoce kvalitního prvoautorského publikačního výstupu) může oborová rada rozhodnout jinak. U dosud nezveřejněných publikací je třeba doložit potvrzení, že rukopis byl odborným časopisem již přijat ke zveřejnění. Sdílené prvoautorství je možné uznat jako prvoautorství, je však nejprve třeba souhlasu předsedkyně OR. Případové studie na jednotkách pacientů (case reports, kazuistiky) jsou přijatelné jako prvoautorský článek v případech, že mají zásadní vědecký přínos. Jde např. o popis nového genu v patogenezi onemocnění, nový biologický mechanismus objasňující funkci genu, nový způsob léčby či způsob diagnostiky. V tomto případě by součástí článku měly být funkční experimenty. Nelze akceptovat Case report s pouhým klinickým popisem příznaků a fenotypu pacienta. V případě pochybností o vhodnosti tohoto typu článku kontaktujte příslušného koordinátora OR. V případě, že druhá požadovaná publikace je jiného typu než "původní článek", je vhodné situaci rovněž nejprve prokonzultovat s koordinátorem nebo předsedkyní OR. Videopublikace nejsou akceptovány (nejsou-li zároveň doprovázeny plnohodnotným textem).

Případné další požadavky na publikační činnost studenta v souvislosti s ISP mohou být stanoveny vnitřními předpisy fakulty.

Požadavky k obhajobě

Před podáním disertační práce k obhajobě musí student splnit všechny povinnosti uvedené v ISP, úspěšně vykonat SDZ a být autorem alespoň dvou původních vědeckých publikací týkajících se tématu disertační práce a publikovaných v průběhu studia (viz požadavky na tvůrčí a publikační činnost).

Termíny obhajob pro aktuální akademický rok naleznete zde.

Disertační práce by měla být původním autorským textem umožňujícím posoudit, zda má uchazeč předpoklady pro samostatnou vědeckou práci v příslušném oboru. Student by měl být schopen uceleně postihnout řešený vědecký problém v adekvátní šíři a formulovat samostatné názory a otázky vyplývající z výsledků jeho doktorského projektu.

OR nevyžaduje vypracování a odevzdání autoreferátu. OR rovněž nevyžaduje výtisky dizertačních prací – práce se odevzdává pouze elektronicky přes SIS.

Disertační práce

Kromě částí předepsaných fakultou (titulní strana, prohlášení autora, abstrakty v češtině a angličtině, apod.) a doprovodných oddílů typu obsah, seznam citací, případně i seznam použitých zkratek, musí disertační práce obsahovat: 1) teoretický úvod (přehled současného stavu informací dostupných v odborné literatuře o problematice, která je bezprostředním tématem disertační práce), 2) jasně definované cíle práce; 3) experimentální část (popis výchozích hypotéz a experimentů, kterými byly tyto hypotézy testovány, tj. celková koncepce experimentů, materiál, metodické přístupy a získané výsledky včetně příslušné obrazové či tabulkové dokumentace); 4) diskusi; 5) shrnutí/závěry. Tyto části mohou být nazvány a rozčleněny vhodným způsobem podle charakteru disertační práce a v souladu s vnitřními předpisy fakulty. Určité modality v členění práce (např. spojení experimentální části a diskuse v případě bioinformatických prací) se připouštějí, musí však být předem konzultovány s předsedkyní OR.

Do popisu experimentální části práce mohou být začleněny a částečně ji mohou nahrazovat původní vědecké publikace studenta, které se týkají tématu disertační práce, vznikly v průběhu jeho studia a v době odevzdání disertační práce jsou již publikované, přijaté k zveřejnění nebo přijaté k recenznímu řízení v IF časopise. Doporučeno je začlenění pouze takových publikací, na jejichž vzniku měl student významný podíl. Publikace mohou být začleněny buď přímo do textu, nebo formou odkazů na přílohy k práci, a měly by být propojeny původním autorským textem, vysvětlujícím vhodným způsobem jejich vzájemnou provázanost v rámci řešeného tématu a stručně shrnujícím podstatu výsledků v publikacích prezentovaných. Tento text musí rovněž obsahovat jednoznačné a podrobné slovní určení podílu studenta na získání příslušných výsledků a přípravě rukopisů pro publikaci. Student zodpovídá za to, že publikace jsou v práci prezentovány ve formě, která je v souladu s licenčními podmínkami příslušného vydavatele. Případné začlenění publikací do disertační práce však v žádném případě nemůže nahradit teoretický úvod ani celkovou diskusi získaných výsledků (autorský text v těchto částech disertační práce nesmí být přímo kopírován z publikací studenta). Rovněž všechny dosud nepublikované experimenty studenta, relevantní k řešenému vědeckému problému, a jejich výsledky by měly být v experimentální části popsány plně.

Práce může být předložena v češtině, slovenštině nebo angličtině (doporučuje se zejména angličtina).

Profil absolventa studijního programu

Absolvent má hluboké teoretické znalosti v molekulární a buněčné biologii, genetice a virologii, přičemž je navíc specialistou v některé ze specifických podoblastí těchto vědních oborů. Je schopen navrhnout optimální způsob řešení vědeckého problému, zvolit vhodné metodické postupy a správně vyhodnotit a interpretovat výsledky experimentů. Dovede prakticky používat různé moderní molekulárně biologické, genetické, biochemické, bioinformatické a biostatistické metody a techniky. Získané znalosti a dovednosti dokáže samostatně aplikovat při řešení komplexních vědeckých otázek. Uplatní se v základním i aplikovaném výzkumu a vývoji v biologických a biomedicínských oborech.

Předpokládané uplatnění absolventů

Absolvent je připraven uplatnit se především ve vědeckých i pedagogických pozicích na domácích i zahraničních vysokých školách, vědeckých ústavech zabývajících se základním i aplikovaným výzkumem, ve výzkumně-technologických centrech. V neakademické sféře najde uplatnění ve specializovaných klinických, diagnostických a forenzních laboratořích a v laboratořích farmaceutického a potravinářského průmyslu, v ochraně životního prostředí či ve šlechtitelství.