Hancarova M, Drabova J, Zmitkova Z, Vlckova M, Hedvicakova P, Novotna D, Vlckova Z, Vejvalkova S, Marikova T, Sedlacek Z. N Biotechnol. 2012 Feb 15;29(3):321–4. Epub 2010 Oct 20. IF: 2.756
Ústav biologie a lékařské genetiky
Mgr. Miroslava Hančárová je hlavní autorkou článku představujícího použití array-komparativní genomové hybridizace u pacientů s opožděním vývoje. Metoda je vhodná pro hledání nových submikroskopických delecí či duplikací. Její použití je zdokumentováno u dvou pacientů: první s cytogeneticky prokazatelnou delecí chromozomu X, u kterého byla molekulární analýza použita k bližšímu určení deletovaných oblastí; karyotyp druhého pacienta se zdál být normální, bližší analýza však odhalila malou deleci na chromozomu 1.
Hlavní autorku jsme poprosili, aby nám připomněla princip array-komparativní genomové hybridizace:
Táto metóda spojuje výhody klasickej CGH a DNA čipov. Využíva sa hlavne k detekcii menších delécií a duplikácií v genómoch pacientov. Princíp metódy je podobný ako u klasickej CGH. Avšak na rozdiel od nej sa nevyužívajú metafázne chromozómy ale krátke fragmenty DNA, ktoré sú naviazané na čip. Pomocou odlišných fluorochrómov je označená kontrolná a testovaná DNA. Odlišne označené DNA sú zmiešané v rovnakom pomere a hybridizované na krátke fragmenty uchytené na čip. Po hybridizácii sa odmytím odstránia nenaviazané sondy a následné hodnotenie prebieha pomocou scanneru, ktorý nasníma laserom obraz čipu do počítača. Počítačový program potom hodnotí každý spot na čipe a stanoví pomer oboch fluorochrómov. Pokiaľ sa v testovanej DNA objaví nedostatok či prebytok genetického materiálu, prejaví sa to odlišným pomerom fluorescenčného signálu v danej oblasti chromozómu.
-mk-
