Křenková P, Norambuena P, Stambergová A, Macek M Jr. Folia Biol (Praha). 2009 55(6):238–42. IF: 1.140
Ve Folia Biologica vyšel článek autorů z Ústavu biologie a lékařské genetiky, první autorkou je postgraduální studentka Mgr. Petra Křenková. Tématem publikace je zhodnocení vysokorozlišovací analýzy křivek tání (HRM, high-resolution melting) pro účely diagnostiky cystické fibrózy. Celkem bylo testováno devatenáct různých genotypů v šesti exonech genu CFTR (cystic fibrosis transmembrane conductance regulator). Standardizace byla provedena porovnáváním s křivkami tání vzorků známé sekvence. Podle výsledků se ukázala být metoda HRM spolehlivým diagnostickým nástrojem vhodným k detekci SNP (single-nucleotide polymorphism) a delecí 1–3 nukleotidů. Je ekonomicky výhodná a přitom dostatečně specifická i senzitivní.
Jak probíhá genetická analýza v současnosti v rámci rutinního vyšetřování při podezření na cystickou fibrózu (CF)? Zeptali jsme se Mgr. Petry Křenkové.
Vzhledem k vysokému počtu mutací v genu CFTR uplatňujeme tzv. „kaskádovou strategii“, která umožňuje v sestupné řadě postupný záchyt od nejčastějších mutací až po ty relativně vzácné. V první řadě je vyšetřena mutace F508del, která se v české populaci nachází na 67 % CF chromozomů. Následuje vyšetření „slovanské“ delece CFTRdele2,3/21kb/, vyskytující se s četností téměř 6 %. V dalším kroku se pomocí komerčně dostupné diagnostické soupravy testuje simultánně 32 CF alel běžných v evropské populaci. Ostatní mutace jsou již tak vzácné, že se rutinně nevyšetřují. Pokud se tímto způsobem nepodaří odhalit obě kauzální mutace, ale pacient vykazuje jasné klinické a laboratorní známky onemocnění, je indikováno vyšetření kompletního genu CFTR. Pomocí metody MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification) se vyšetří rozsáhlé přestavby v rámci celého genu CFTR, tj. delece či duplikace jednoho či vícero exonů, které nejsou běžnými metodami založenými na PCR technice zachytitelné. Skenovací metoda HRM umožní detekovat exon, ve kterém se nachází jedno- i vícenukleotidové změny sekvence DNA. Takto vytipované exony jsou dále sekvenovány, aby byla identifikována konkrétní mutace. Na závěr je důležité vyšetřit i rodiče pacienta s CF, a potvrdit tak nosičství nalezených mutací u každého z nich.
-az-
