Konopac M, Dusatkova P, Cinek O. Bioinformatics 2011/27/16/2306–2308. IF: 4.877
Tento článek vás seznámí s programem SNPman, který zpracovává data z PCR. Najdete jej v periodiku Bioinformatics. Na rozdíl od jiných programů tohoto druhu používá SNPman data nasbíraná v průběhu celé PCR, nejen konečný výsledek měření fluorecence.
MUDr. Ondřeje Cinka, Ph.D., z Pediatrické kliniky jsme se zeptali, jaké má SNPman výhody ve srování s jinými programy na zpracování dat z PCR a k čemu se konkrétně používá.
Prográmek napsal kolega Konopáč v rámci své diplomky, kterou dělal v naší laboratoři; je to dosti jednoúčelový skript určený k „záchraně“ mizerných dat z nedostatečně kvalitních běhů typizace jednonukleotidových polymorfismů pomocí real-time PCR (prostě napsal a odladil několik tisíc řádek kódu a pak jej testoval na reálných datech).
Typizace jednonukleotidových polymorfismů pomocí real-time PCR a dvojice TaqMan sond je velice rozšířená a úplně běžná metoda. Někdy však jsou její výsledky poněkud suboptimální, to se stává zejména tehdy, kdy jsou dostupné jen vzorky DNA špatné kvality nebo nerovnoměrné kvantity – obojí je v molekulární epidemiologii zcela běžná věc, tedy aspoň naše laboratoř se k tomu ráda přizná. Prográmek se dívá nejen na výsledek amplifikace, ale i na její průběh. Pomocí sledování poměru amplifikací jednotlivých alel časně v průběhu PCR může stanovit správný genotyp, i když na konci PCR vypadá výsledek mizerně a skupiny alel se po čase slévají v masu obdobné fluorescence. Ostatní programy tohle prostě neumějí – buď se dívají jen na ta konečná data, nebo jsou omezeny na jednu PCR platformu, nejde s nimi data ukládat, nestanoví poměr v časných fázích amplifikace a tak podobně.
Prográmek jsme vyzkoušeli na našich opravdových mizerných datech z jedné studie se špatnými DNA, výsledek i prográmek jsme pak odpublikovali. To není na Fakultě biomedicínského inženýrství ČVUT při diplomce úplně obvyklé, kolega proto dostal cenu děkana, a následně se ucházel o cenu Siemens, kde bohužel v posledním kole nezvítězil.
-mk-
