Výzkum profesora Jana Trky a týmu jeho spolupracovníků je zaměřen na poznání biologie nejčastějšího nádorového onemocnění u dětí – akutní leukémie. Profesor Trka patří mezi přední experty řešící tuto výzkumnou problematiku ve světě. Je autorem více než 120 odborných sdělení citovaných více než 3000krát. Jeho výzkumná skupina CLIP (Childhood Leukemia Investigation Prague) patří dle profesora Shaie Izraeliho, přednosty dětské kliniky v Tel-Avivu, mezi vedoucí evropská centra řešící moderní diagnostiku a výzkum dětské leukémie a předstihla v tom Německo, Francii či Velkou Británii.
Profesor Trka se stal laureátem Ceny ministra školství za mimořádné výsledky výzkumu, experimentálního vývoje a inovací za rok 2018