Pracoviště ÚLM a Interní klinika zavedly v roce 2014 ve FN Motol jako v jedné z prvních nemocnic v ČR metodu fekální transplantace (bakterioterapie) u pacientů s těžkými rekurentními formami klostridiové kolitidy, které jsou standardní antibiotickou léčbou neřešitelné. ÚLM zajišťuje komplexní laboratorní vyšetření dárců a přípravu stolice určené k podání nemocnému. Doposud bylo takto ošetřeno 20 pacientů s 90% úspěšností.