Onkologická klinika 2. LF UK a FN Motol je jedním z Komplexních onkologických center v České republice. Provádí komplexní multidisciplinární léčbu nádorových onemocnění (solidní nádory a lymfomy) ve spolupráci s ostatními odbornými pracovištěmi ve FNM. Je jedním ze dvou center v ČR zaměřujících se na léčbu vzácných nádorů a je členem Evropské referenční sítě pro léčbu vzácných nádorů. Pracoviště je členem České kooperativní lymfomové skupiny (CLSG), Evropské organizace pro výzkum a léčbu rakoviny (EORTC) - pracovní skupina pro léčbu sarkomů. Klinika spolupracuje i s pacientskými organizacemi (například Hlas pacientů, Lymfom Help, Mamma Help, Česká asociace pro vzácná onemocnění). V rámci kliniky se podává chemoterapie, hormonální a cílená léčba, provádí radioterapie (teleradioterapie i brachyterapie) a poskytuje podpůrná léčba onkologickým pacientům. Probíhá zde řada klinických studií a výzkumných projektů.