Mikrobiologie

Charakteristika studijního programu

Studijní program poskytuje studentům pokročilé teoretické a praktické znalosti z širokého oboru mikrobiologie. Studenti si osvojují současné mikrobiologické, molekulárně genetické, bioinformatické, biochemické, analytické a biofyzikální metody, které uplatňují při studiu mikroorganizmů. Klíčovým tématem výzkumu jsou fyziologické regulace mikrobiální buňky ve vztahu k produkci antimikrobiálních látek a rezistenci, regulace patogeneze infekčních onemocnění a regulace interakcí mikrobů s jejich okolím. Výzkum na úrovni společenstev mikroorganizmů sleduje biodegradační schopnosti mikroorganizmů v cyklech biogenních prvků v přírodě a bioremediace.

Podmínky přijímacího řízení specifické pro studijní program

Podmínky a průběh přijímacího řízení pro kombinovanou formu studia jsou stejné jako podmínky pro prezenční formu.

Doporučujeme předem kontaktovat potenciálního školitele a konzultovat s ním vhodnou formu přípravy na přijímací pohovor. Každý studijní program má svá specifika, proto vám školitel může pomoci při přípravě na přijímací zkoušku (pohovor).

Témata disertačních prací

Uchazeč si zvolí předběžné téma individuálně a kontaktuje potenciálního školitele, případně může využít vypsaných témat níže, výběr se na ně však v žádném případě neomezuje. Společně s ním konzultuje zvolené téma a dohodne se na jeho přesnější specifikaci. V případě nejasností doporučujeme kontaktovat rovněž předsedu OR. Ten mu může podle potřeby doporučit konzultovat téma i s dalším specialistou podle zaměření zamýšleného projektu. 

Pokud uchazeč neví, jaké téma/jakého školitele si zvolit, kontaktuje předsedu OR, s nímž konzultuje vhodné téma a potenciálního školitele. 

Tato volba je předběžná, přijímací komise může po konzultaci s uchazečem navrhnout jiného školitele.

Vypsaná témata

Školitelé studijního programu

Každý školitel musí být schválen OR. Kritéria pro přijetí nových školitelů si určuje OR. Pokud navrhovaný školitel není dosud schválen OR, musí tak být učiněno nejpozději do zápisu uchazeče do studia (za předpokladu, že uchazeč bude přijat). Seznam školitelů schválených OR naleznete zde. Po rozkliku se zobrazí pracoviště školitele a kontakt na něj.

Požadavky v průběhu studia

Studijní povinnosti pro prezenční i kombinovanou formu studia jsou stejné.

V 1. a 2. ročníku studia je nutné absolvování dvou povinných předmětů:

• dvoutýdenní kurz Pokroky v molekulární biologii a genetice (MPGS0034), organizuje prof. MUDr. J. Jonák, CSc., ÚMG AV ČR
• jednodenní seminář Pokroky v mikrobiologii (MPGS0013), organizuje doc. RNDr. J. Gabriel, DrSc., MBÚ AV ČR

Další dva volitelné předměty jsou do ISP doplněny v závislosti na předchozím vzdělání a s ohledem na téma disertace. Jde o předměty z nabídky PřFUK, MFF UK či LF UK. Předměty jsou podmínkou pro podání přihlášky ke SDZ. Další podmínkou je buďto certifikovaná zkouška z angličtiny (FCE, CAE, TOEFL) nebo zkouška na Ústavu jazyků 2. LF UK. Dle Opatření děkana 2/2024 je povinná účast na Vědecké konferenci pro všechny studenty DSP na 2. LF UK. VK se studenti zúčastňují zpravidla ve 4. ročníku (případně i znovu v 6. a 8. ročníku pokud studium prodlužují).

Nejpozději do konce 3. ročníku studia je nutné úspěšné vykonání SDZ.

Doporučeno je aktivní zapojení studenta do přípravy grantových projektů pracoviště. Zároveň student zpravidla připravuje vlastní návrh grantu GA UK.

Požadavky na absolvování stáží

Student v souladu se standardy studijních programů na UK absolvuje zahraniční stáž na pracovišti s příbuznou problematikou (celková délka alespoň jeden měsíc), aktivně se zúčastňuje zahraničních vědeckých konferencí a kongresů, na nichž referuje o svých výsledcích formou ústního či plakátového sdělení. Pokud stáž nelze zajistit, studenti se zapojují do mezinárodní spolupráce jiným způsobem.

Vypsané kurzy

• Nabídka přednášek a kurzů

Požadavky ke SDZ

SDZ se koná v rozsahu stanoveném oborovou radou. Předmětem SDZ jsou:

• tematické okruhy, vypsané oborovou radou, zaměřené na obecné znalosti a rozhled v oboru
• znalosti metodických postupů a technik používaných v mikrobiologii, s ohledem na téma disertace
• speciální témata týkající se vědeckého zaměření disertační práce. Cílem SDZ je prověřit vědecký způsob myšlení studenta, tj. jeho schopnost postihnout podstatu problému včetně schopnosti navrhovat vlastní způsoby řešení.

Povinný okruh:

• Fyziologie mikroorganismů
• Genetika mikroorganismů

Volitelný okruh (student volí jednu z nabízených variant, podle tématu disertace):

• Molekulární biologie
• Lékařská mikrobiologie

SDZ se zaměřuje na:

• úroveň teoretických znalostí, schopnost orientace v celé šíři oboru
• znalosti principů a možností metod a technik používaných v současné mikrobiologii jak obecně, tak s ohledem na disertační práci
• detailní znalost problematiky, týkající se zaměření disertační práce

Součástí SDZ je úvodní krátká prezentace, kterou student uvede členy komise do své výzkumné problematiky.

Okruhy ke SDZ

Požadavky na publikační činnost

• Samostatná originální experimentální práce s publikačním výstupem, na kterém má student rozhodující podíl.
• Dvě prezentace v angličtině na každoroční konferenci doktorandů Mikrobiologie během prvních čtyř ročníků studia.
• Minimálním publikačním požadavkem jsou dvě původní vědecké práce v impaktovaných časopisech (WOS), alespoň na jednom z nich je student 1. autorem.

Požadavky k obhajobě

Řídí se zvyklostmi publikování vědeckých výsledků v oboru mikrobiologie. Má dvojí formu:

• Disertační práce v plném znění má klasické členění kapitol (Obsah, Úvod s formulací cílů, Literární přehled, Materiál a metody, Výsledky, Diskuse, Souhrn, Použitá literatura, Seznam použitých zkratek); obvyklý rozsah cca 100 stran.
• Zkrácená forma disertační práce k získání titulu Ph.D. ve studijním programu Mikrobiologie je přípustná při splnění následujících podmínek:

Student je autorem alespoň tří publikací v časopisech, kterým je udělován tzv. impact factor (IF), z nichž na všech je prvním autorem; nebo je autorem pěti publikací v časopisech s IF, alespoň na dvou je prvním autorem. Může se jednat o práce přijaté do tisku.

Podrobnější informace o možné podobě disertační práce a průběhu obhajoby naleznete zde.