Ústav epidemiologie zajišťuje povinný kurz Epidemiologie pro studenty Všeobecného lékařství v českém programu a kurz Epidemiology pro studenty v anglickém programu. Ústav rovněž vypisuje tři volitelné předměty. Pro studenty v českém programu je to Očkování – od teorie k běžné praxi a za rámec výuky, Vysoce nebezpečné nákazy a Prevence a léčba zdravotních problémů při cestách do zahraničí. Pro studenty v anglickém programu se jedná o Vaccination – from Theory to Practice and Beyond; Emerging infections a Prevention of Health Problems during Travel.