Cenu Alberta Schweitzera za lékařství pořádají Francouzské velvyslanectví v České republice a společnost Pierre Fabre Médicament, je určena pro ocenění výzkumných prací českých studentů v oblasti lékařství. 2. července 2020 převzal první cenu MUDr. Michael Svatoň, a to za práci Clinical use of next generation sequencing in the diagnostics of hematopoietic disorders and immune dysregulation. Dr. Svatoň je doktorandem v oboru Molekulární a buněčná biologie, genetika a virologie na Klinice dětské hematologie a onkologie – v CLIPu, jeho školitelkou je doc. Eva Froňková. Cena, jejíž příjemci mají kromě finanční odměny také možnost vycestovat na měsíční stáž do výzkumné laboratoře ve Francii, přichází s jednou výjimkou již poosmé v řadě na 2. lékařskou fakultu.
Fotografie: Eva Kořínková, M. S. vlevo.
Čemu se věnujete a o čem pojednává práce, se kterou jste se o cenu ucházel?
Kromě dětských leukémií, které tvoří jádro vědecké práce celé skupiny CLIP, a sledování minimální residuální nemoci se má práce zaměřuje také na diagnostiku pacientů s poruchou imunity nebo krvetvorby, u nichž předpokládáme vrozenou genetickou příčinu – například vzhledem k časnému nástupu onemocnění a závažnému průběhu. Tyto pacienty vyšetřujeme v rámci Kliniky dětské hematologie a onkologie, ale i ve spolupráci s Ústavem imunologie a dalšími, nejen motolskými klinikami. Metodou celoexomového sekvenování získáme velké množství dat o genetických variantách u každého pacienta, v nich je ale někdy obtížné nalézt právě tu, která může být příčinou jeho onemocnění.
U více než čtvrtiny pacientů jsme schopni genetickou příčinu identifikovat. To může mít dopad na léčbu pacienta – znalost mechanismu patogeneze v některých případech umožní nasadit cílenou farmakoterapii, nebo může být jasnou indikací k transplantaci krvetvorných buněk. U zhruba desetiny pacientů potom odhalíme podezřelé varianty v genech, které v souvislosti s onemocněním ještě nebyly popsány, ale významně se účastní vývoje nebo regulace krvetvorných buněk. Abychom kauzalitu prokázali, potřebujeme nejen správnou hypotézu, ale také náročné funkční testy na buněčném nebo zvířecím modelu.
Jedním takovým příkladem a hlavním bodem mé prezentace byl výsledek několikaleté studie, která popisuje pacienta s velmi těžkou anémií na podkladě mutace v genu kódujícím přenašeč redukovaných folátů (RFC). Tato práce mohla vzniknout pouze díky obrovskému úsilí mnoha kolegyň a kolegů nejen z naší laboratoře, ale i dalších pracovišť. Především dr. Karoliny Škvárové Kramarzové, která pomocí systému CRISPR/Cas9 vytvořila buněčné modely pro další testy, a také týmu prof. Viktora Kožicha z Ústavu dědičných metabolických poruch. Hlavním přínosem tohoto dlouhého úsilí bylo to, že jsme odkryli podstatu pacientova onemocnění, a umožnili tak jeho efektivní léčbu kyselinou listovou v terapeutických dávkách.
Jak prakticky probíhá genové sekvenování?
Různých sekvenačních metod je celá řada a od toho se odvíjí jejich časová i technologická náročnost a možnost využití. Pokud jde o celoexomové sekvenování, příprava sekvenační knihovny se dá zvládnout během dvou dnů v laboratoři. Spočívá v úpravě genomické DNA na drobné fragmenty tak, aby je mohl přečíst stroj, a obohacení knihovny o kódující úseky genů, kde se nachází většina známých patogenních variant.
Samotné sekvenování potom trvá zhruba den, než získáme výsledná data. To jsou v podstatě jen obrovské textové soubory, které je třeba dále bioinformaticky zanalyzovat. Tak zjistíme, čím se náš pacient liší od ostatních zdravých jedinců, a můžeme hledat a interpretovat podezřelé varianty. Což může být dlouhá a někdy také bohužel nekončící práce před monitorem.
Jak soutěž probíhala?
Vzhledem k vypuklé pandemii bohužel bylo nutné i tuto soutěž uspořádat v podobě virtuální konference a prezentace práce před odbornou komisí namísto skutečného setkání. Vše bylo však velmi dobře zorganizováno.
Se stipendiem se pojí zahraniční stáž. Už víte, kam chcete jet?
Stále je poněkud obtížné a nejisté cokoliv plánovat a vyslovit své plány je poměrně dobrý způsob, jak je zbořit, takže zatím raději ne. Ve Francii je každopádně mnoho skvělých pracovišť, na nichž by se doufám stáž dala uskutečnit.
Jaký cíl máte nyní na dohled?
Kromě přípravy dalších publikací se nezadržitelně blíží také doba, kdy bych měl odevzdat disertační práci a ukončit své doktorské studium. Stále mě ještě čeká dost práce, ale doufám, že díky skvělému a trpělivému vedení mé školitelky se to brzy podaří. Žádného ze svých dosavadních cílů bych bez ochoty a pomoci mnoha dalších kolegyň a kolegů nejen z CLIPu nemohl dosáhnout a jsem jim za vše velmi vděčný!
