Drevinek P, Vosahlikova S, Dedeckova K, Cinek O, Mahenthiralingam E. J Clin Microbiol. 2010 May;48(5):1888–91. Epub 2010 Feb 24. IF: 3.945
Na Pediatrické klinice ověřovali, zda je možné využít multilokusovou sekvenční typizaci (MLST) pro bližší identifikaci kmenů Burkholderia cepacia přímo ze sputa pacientů s cystickou fibrózou. Pro tento účel byla využita speciální úprava MLST s nested PCR. Více informací o celé práci naleznete v Journal of clinical microbiology.
Jaký je princip použité MLST s nested PCR? O odpověď jsme požádali hlavního autora článku MUDr. Pavla Dřevínka, Ph.D.:
Metoda MLST se obecně stává novou referenční metodou pro typizaci, neboli fingerprinting mnoha bakterií. Je založena na sekvenaci několika housekeepingových genů, takže její výsledky jsou, na rozdíl od těch metod, kde je fingerprint reprezentován mnoha proužky na gelu, jednoznačné, lehce interpretovatelné a porovnatelné mezi různými laboratořemi.
Primárně se MLST aplikuje na čisté bakteriální kultury. Tím však vyvstal pro nás problém, jak typizovat „neviditelné“ bakterie, tedy ty, které dokážeme v klinickém vzorku od pacientů s cystickou fibrózou objevit velmi citlivou metodou nested PCR, nikoliv však kultivací. Metoda MLST upravená do formátu nested PCR se ukázala být řešením a naše výsledky potvrdily, že lze typizovat, tedy určit kmen komplexu Burkholderia cepacia přímo ze sput. A to i v případech, kdy se ve sputu nachází více bakteriálních druhů najednou a kdy je ve vzorku tak málo bakterií B. cepacia, že se neprokážou kultivačně.
-mk-
