Od roku 2012 se Dětské kardiocentrum účastní charitativních léčebných misí, při kterých jsou chirurgicky léčeni pacienti s život ohrožujícími vrozenými srdečními vadami v partnerských nemocnicích v Nairobi (Keňa), Amánu (Jordánsko) a Indii. V rámci těchto programů byly úspěšně operovány desítky pacientů. Dále byl v roce 2014 zahájen program klinické spolupráce s Dětskou nemocnicí v Ljubljani a t.č. operují chirurgové DKC dětské slovinské pacienty s vrozenými srdečními vadami.