Po opakovaných jednáních s Ministerstvem zdravotnictví ČR a s plátci péče v ČR, zejména s přihlédnutím k dosaženým léčebným výsledkům a objemu léčených pacientů, unikátní onkologické diagnózy a užívání inovativních postupů v léčbě, byla na podkladě Věstníku Ministerstva zdravotnictví ČR 13/2017 z prosince 2017 ustanovena dvě Národní onkologická centra v ČR – jedním je Komplexní onkologické centrum FN Motol a 2. LF UK Praha. Národní onkologické centrum může proti ostatním komplexním onkologickým centrům využívat rychleji nové léčebné modality a postupy v onkologii, stává se primárně partnerem ve spolupráci s významnými zahraničními onkologickými centry i s plátci péče! Díky tomu se stává unikátním onkologickým centrem v ČR od prosince 2017, spolu s Národním onkologickým centrem Masarykova onkologického ústavu Brno.