Úspěchy

Vědecký tým Ústavu lékařské mikrobiologie vstoupil v roce 2022 do nově vzniklého konsorcia osmi výzkumných institucí, které je financováno v programu EXCELES v rámci Národního plánu obnovy EU. Posláním Národního institutu virologie a bakteriologie, který je vedený Ústavem organické chemie a biochemie AV ČR, je špičkový translační výzkum v oblasti interakce hostitele s patogeny.

V reakci na zvýšené požadavky na PCR testování SARS-CoV-2 inicioval ÚLM vybudování laboratorních prostor pro virologické oddělení. Díky novým laboratořím a přístrojovému dovybavení bylo v roce 2021 možné rozšířit kapacitu testování na 1000 vzorků denně.

Dr. J. Matějková se zařadila mezi učitele roku 2019, dr. E. Bébrová se stala učitelem roku 2020. Daří se tak držet tradici úspěšné účasti Ústavu lékařské mikrobiologie v anketě (2× učitel roku 2016, 1× učitel roku 2018).

Pracovníci ÚLM obdrželi obě ceny roku 2021 udělované ředitelem FN Motol na základě hlasování Vědecké rady. Cenu Junior získala Mgr. Eva Smělíková za publikaci How to: screening for mcr-mediated resistance to kolistin (časopis Clinical Microbiology and Infection; IF 8,087), hlavní cenu obdržel prof. Pavel Dřevínek a tým centra CF za projekt Nejmodernější lék v léčbě cystické fibrózy a jeho dostupnost pro pacienty v ČR.

V roce 2021 se prof. Pavel Dřevínek stal podruhé v řadě členem výboru Evropské společnosti pro cystickou fibrózu, jehož volená část sestává z 8 členů. Ve výboru zodpovídá za projekt partnerství mezi CF centry západní a východní Evropy, tzv. Twinning project.

Dr. Jakub Hurych je hlavním z autorů knihy Lékařská mikrobiologie – Repetitorium (Praha, Triton, 588 stran, 1. vydání), která se stala základní učebnicí mikrobiologie pro studenty medicíny. Dílo vzešlo z dílny skupiny Medici Boni, která pod odborným dohledem Ústavu lékařské mikrobiologie 2. LF UK na knize pracovala více než 6 let. Kniha vyniká přehledností a moderním grafickým ztvárněním. První vydání se v nákladu 1 000 kusů vyprodalo během čtyř měsíců.

Od března 2020 je prof. Pavel Dřevínek členem poradního orgánu ministra zdravotnictví ČR. Díky současnému zastávání postu předsedy Společnosti pro lékařskou mikrobiologii ČLS JEP mohl iniciovat vznik několika odborných doporučení, spolupodepsaných oběma institucemi (odborná stanoviska Principy přímého průkazu SARS-CoV-2 metodou RT-PCR, Sérologický průkaz protilátek proti SARS-CoV-2, Přímá detekce SARS-CoV-2: detekce antigenu).

Mgr. J. Tkadlec je prvním autorem článku o užití metody panbakteriální PCR v diagnostice původců infekčních chorob. Studie byla v roce 2019 publikována v časopise Clinical Microbiology and Infection (impact factor 7,117). Za tuto práci získal Cenu Ervína Adama za vynikající práci preventivního významu pro zdraví populace za rok 2019.

Formou tiskové zprávy s titulkem Antigenní testy nejsou spolehlivé, ukazuje provedená studie jsme na konci října 2020 zveřejnili výsledky naší studie, která dokládala, že celková senzitivita antigenních testů na SARS-CoV-2 se pohybuje pod hranicí 70 %. Tím jsme upozornili na to, že se tento postup detekce viru nehodí na jednorázové celoplošné testování české populace, které bylo v té době zvažováno, a rozžehli jsme odbornou i mediální debatu o indikacích antigenních testů.

V roce 2019 se podařilo na Klinice anesteziologie, resuscitace a intenzivní medicíny zprovoznit molekulárně genetický test, který dovede v 65 minutách určit bakteriálního či virového původce infekcí dolních cest dýchacích. Jedná se tak nejen v podmínkách FN Motol, ale i celé ČR o první využití rychlé mikrobiologické diagnostiky přímo na klinickém pracovišti.

Dr. J. Tkadlec s dr. M. Krůtovou zavedli během jimi řešeného vědeckého projektu molekulárně-mikrobiologický test k průkazu na plazmidu vázané rezistence ke kolistinu u enterobakterií. Na konci roku 2019 byl zachycen opakovaný výskyt této nebezpečné rezistence ve FN Motol. Po zavedení protiepidemických opatření ve spolupráci s Oddělením nemocniční hygieny a epidemiologie a zaměstnanci daného oddělení došlo k zastavení šíření rezistence, která by jinak hrozila nebezpečím selekce panrezistentních kmenů.

Prof. Pavel Dřevínek byl jako hlavní host pozván do pořadu 90’ na ČT24, který byl věnován tématu inovativní léčby cystické fibrózy. Ta byla v USA schválena k používání na základě výsledků klinického hodnocení, publikovaných v časopise New England Journal of Medicine (Middleton, Mall, Drevinek et al. NEJM 2019).

Společnost pro lékařskou mikrobiologii České lékařské společnosti JEP zvolila pro období let 2019 až 2022 za svého předsedu prof. Pavla Dřevínka.

Dr. J. Nunvář získal z rukou prof. Kouteckého cenu Ervína Adama za rok 2018. Oceněna byla jeho práce popisující změny bakteriálního genomu během dlouholeté infekce u pacientů s cystickou fibrózou, která byla publikována v časopise PLoS Pathogens. Ten se řadí do první desítky těch nejlepších s mikrobiologickou tématikou.

Dr. P. Hubáček byl v roce 2017 vyzván jako dosud první a jediný ze zemí východní Evropy ke spoluautorství aktualizace doporučených postupů na téma CMV u pacientů s leukémií (pod hlavičkou European Conference on Infections in Leukaemia; ECIL). Postupy jsou od téhož roku k dispozici na stránkách ECIL a ve formě článku byly v březnu 2019 přijaty do Lancet Infectious Diseases.

V roce 2018 obdržela Mgr. M. Krůtová a Mgr. J. Tkadlec grantovou podporu AZV pro sledování výskytu rezistence ke kolistinu, rezervnímu antibiotiku pro léčbu infekcí způsobených multirezistentními patogeny, která je vázána na plazmid a tedy snadno přenositelná mezi bakteriemi. V rámci řešení grantu byla na ÚLM zavedena metoda detekce všech známých genů mcr u suspektních klinických izolátů enterobakterií, aby bylo možné účinně monitorovat výskyt této rezistence ve FN Motol.

V roce 2018 se prof. P. Dřevínek stal členem výboru Evropské společnosti pro cystickou fibrózu, jehož volená část sestává z osmi členů. Ve výboru je jediným zástupcem zemí střední a východní Evropy.

V roce 2017 jsme v souladu s nejnovějšími poznatky formulovali metodický pokyn, který významně mění pravidla odběru krve k hemokultivaci. Jeho úspěšná implementace do celonemocničního provozu byla doprovázena zavedením non-stop servisu pro časné zahájení automatické inkubace krve a navýšením kapacity analyzátorů.

V roce 2017 byla Mgr. M. Krůtová zvolena do výkonného výboru studijní skupiny pro Clostridium difficile, která pracuje při Evropské společnosti klinické mikrobiologie a infekčního lékařství ESCMID, a významně se tak podílí na aktualizaci evropských doporučení pro prevenci, diagnostiku, léčbu a sledování infekcí vyvolaných C. difficile.
http://www.escmid.org/research_projects/study_groups/clostridium_difficile/

Dr. J. Matějková a prof. P. Dřevínek se zařadili mezi učitele roku 2016. Ústavu lékařské mikrobiologie se tak podařilo obsadit hned dvě příčky ze šesti, které jsou určené pro výherce studentské ankety.

www.lf2.cuni.cz/fakulta/clanky/reportaze/plesam-plesas-plesame

V rozmezí let 2015–2017 jsme do diagnostické praxe postupně zavedli několik molekulárně genetických vyšetření, která se osvědčují v situacích, kde selhává kultivace (např. z důvodu současně podávané ATB léčby). Nově tak provádíme PCR detekce střevních patogenů, původců meningitid nebo sexuálně přenosných onemocnění. Varianta molekulárního přístupu, který vede k záchytu jakéhokoli patogena v primárně sterilním materiálu, byla vyhodnocena jako Tvůrčí počin roku FN Motol 2015.

ÚLM se aktivně účastní evropských iniciativ formujících strategii kontroly závažných nemocničních infekcí způsobovaných C. difficile (CDI) a jako centrální typizační laboratoř pro C. difficile podpořila zapojení ČR a SR do standardizované evropské surveillance CDI. Ve spolupráci s evropskou studijní skupinou pro C. difficile připravila Mgr. M. Krůtová v roce 2018 vyzvané review How to: Surveillance of C. difficile infections (IF 5,39), které shrnuje současný stav surveillance CDI v Evropě. 

V roce 2015 byl prof. P. Dřevínek vybrán jako vedoucí evropského projektu Standards of Care, který zřizuje Evropská společnost pro cystickou fibrózu (ECFS). Koordinuje tak aktivity ECFS, jejichž cílem není jen definovat zlatý standard péče o pacienty s CF, ale i stanovit kritéria pro budoucí akreditaci evropských center CF. Jakožto vedoucí tohoto projektu se automaticky stal členem výkonného výboru ECFS.
www.ecfs.eu/ecfs-standards-care/introduction

Od poloviny roku 2014 používáme u pozitivních hemokultur nový protokol spočívající v dvouhodinové kultivaci koncentrované bakteriální frakce na temperovaném agarovém médiu s následnou detekcí hmotnostní spektrometrií. Metoda umožňuje určení původců infekcí už během několika hodin od signalizace pozitivity. Spolehlivě identifikuje bakteriální původce nejzávažnějších septických stavů, tj. druhy E. coli, K. pneumoniae, S. enterica, P. aeruginosa, H. influenzae, S. pneumoniae a S. aureus.

ÚLM zavedl do rutinní praxe molekulární detekci 16 respiračních virů, včetně influenza viru, respiračního synciciálního viru (RSV) a lidského metapneumoviru (hMPV). Za období 2013–2014 jsme otestovali přes 2200 vzorků z dýchacích cest od více než 1400 symptomatických a často výrazně imunosuprimovaných pacientů. Díky této časné a specifické identifikaci původce respiračních obtíží se u mnoha pacientů podařilo nasadit včas cílenou virostatickou terapii, a zároveň omezit zbytečnou léčbu antibiotiky.

K 1. 1. 2012 uvedl ÚLM do laboratorního provozu novou technologii identifikace lékařsky významných kmenů bakterií a hub na principu MALDI-TOF hmotnostní spektrometrie. Jedná se o unikátní automatizovaný systém, který zkrátil identifikaci vykultivovaných mikroorganismů z klinických vzorků z původních 24 až 72 hodin na 15 minut. Systém MALDI-TOF rovněž umožňuje detekovat původce sepse přímo v hemokultivační lahvičce signalizující pozitivitu, tedy o 24 hodin dříve, než je kmen vykultivován.

Bakterie Clostridium difficile se řadí spolu s MRSA mezi nejzávažnější nemocniční infekce. Obě bakterie nereagují na běžnou antibiotickou léčbu a jsou přenosné z pacienta na pacienta. V roce 2012 se podařilo primáři MUDr. Otakaru Nyčovi představit široké veřejnosti závažnost problematiky C. difficile hned v několika formách: článek v MF DNES s výmluvným názvem „Bakterie Zabiják“, chat na iDNES.cz, vstupy ve Zpravodajstvích ČT1 a NOVA. zpravy.idnes.cz/on-line-rozhovor-k-bakterii-klostridie-d9c-/domaci.aspx?c=A120724_105932_domaci_abr

Publikace s popisem laboratorní metody, která významně zvyšuje šance na detekci původců infekce totální endoprotézy, byla oceněna v roce 2011 jako nejlepší článek časopisu Ortopedie. Postup založený na sonikaci, která uvolňuje bakterie z vrstvy biofilmu, byl na základě článku zaveden do rutinní ortopedické a mikrobiologické praxe mnoha pracovišť v ČR. Pilnáček J, Bébrová E.: Problémy v přístupu k infikované TEP a mikrobiologická diagnostika infikované TEP – sonikace. Ortopedie 2011; 5: 161–8.

U pacientů po alogenní transplantaci kmenových buněk krvetvorby mají infekční komplikace významně závažnější průběh a mimo běžných patogenů se u nich vyskytují i vzácné oportunní patogeny. Díky tomu je třeba k těmto pacientům přistupovat odlišným způsobem a se širší diferenciálně diagnostickou úvahou. Pracovníci ÚLM ve spolupráci s Klinikou dětské hematologie a onkologie uspořádali v roce 2011 pro 25 zájemců z 10 evropských zemí výukový kurz při pracovní skupině pro infekční komplikace EBMT.

V roce 2011 jsme zorganizovali zasedání mezinárodní pracovní skupiny pro výzkum bakterií Burkholderia cepacia (IBCWG). Tohoto střetnutí, které se zabývá závažnou infekční komplikací u pacientů s cystickou fibrózou například z pohledu infekční epidemiologie, léčby, bakteriální genomiky či patogeneze infekce, se zúčastnilo na 55 předních odborníků z celého světa.

Tématika: cystická fibróza, farmakoterapie vnitřních nemocí, farmakologie, infekční komplikace kloubních náhrad, speciální chirurgie, dětská kardiologie. Spoluatorství publikace (ortopedie) vydané v anglické verzi.

Konsensuální doporučení týkající se aktuální pozice jednotlivých skupin antibiotik, včetně podrobných doporučení pro jejich používání. Je určen jak praktickým, tak i nemocničním lékařům a je například využíván jako referenční zdroj SUKL. Dostupnost je na webových stránkách ČLS JEP, jednotlivé skupiny opakovaně publikovány (Praktický lékař, Postgraduální medicína...)

Tématika: cystická fibróza, farmakoterapie vnitřních nemocí, infekční komplikace kloubních náhrad, dětská kardiologie. Spoluatorství publikace (ortopedie) vydané v anglické verzi.

Publikováno v Acta ChirurgiaeOrthopedicae et Traumatologicae Čechoslovaca 2008. (udělení ceny)

Ve spolupráci s MZ a ECDC od konce roku 2006 příprava Národní referenční laboratoře pro typizaci Clostridium difficile. Vedoucí: O. Nyč a V. Jindrák (Nemocnice Na Homolce)

V roce 2006 pořádán 5. ročník čtyřdenního kurzu pro mikrobiology a infekcionisty „Klinická mikrobiologie infekcí u hospitalizovaných“ v nemocnici Na Homolce, garanty jsou: V. Jindrák (Nemocnice Na Homolce), E. Bébrová, O. Nyč (Ústav lékařské mikrobiologie Motol), T. Bergerová (FN Plzeň).

Tématika: cystická fibróza, farmakoterapie vnitřních nemocí, infekce ledvin a močových cest v dospělém věku