Paděrová J., Holubová A., Simandlová M., Puchmajerová A., Vlčková M., Malíková M., Pourová R., Vejvalková S., Havlovicová M., Šenkeříková M., Ptáková N., Drábová J., Geryk J., Maver A., Křepelová A. a Macek Jr. M. Clinical Genetics. 2016 Feb 4. doi: 10.1111/cge.12754. IF: 3.931
Publikaci představuje první autorka Mgr. Jana Paděrová z Ústavu biologie a lékařské genetiky 2. LF UK a FN Motol.
Kabuki make-up syndrom (KS) je dominantně dědičné onemocnění způsobené převážně de-novo mutacemi v genech KMT2D a KDM6A. KMT2D gen je dle různých studií mutován u 44 až 76 % pacientů s KS, KDM6A gen u 1 až 6 % pacientů s KS. Kabuki syndrom je syndrom mnohočetných malformací charakterizovaný především opožděným psychomotorickým vývojem, růstovou retardací, hypotonií, vadami srdce a ledvin a typickou faciální stigmatizací. Jednotliví pacienti jsou nicméně fenotypově odlišní a každý z nich může nést jinou kombinaci fenotypových znaků typických pro tento syndrom.
Cílem publikované studie bylo zavedení genetického testování genů KMT2D a KDM6A v České republice, zjištění mutačního spektra u českých KS pacientů, porovnání genotypu a fenotypu u KS pacientů, definování fenotypových kritérií pro genetické testování KS kauzálních genů a určení nejvhodnějšího testovacího algoritmu z hlediska strategického a finančního.
U 14 pacientů se suspektním KS bylo nejprve provedeno standardní cytogenetické vyšetření, a to bez pozitivního nálezu. V rámci této studie byla pak u pacientů vyšetřena DNA pro ztráty a zisky genetického materiálu v oblasti KMT2D a KDM6A genů s negativním nálezem v obou genech. Sekvenování obou genů bylo zavedeno na ÚBLG FN Motol roku 2013. DNA pacientů byla tedy dále podrobena sekvenování kódujících oblastí a exon/intron rozhraní obou genů. U 6 ze 14 (43 %) pacientů byla sekvenováním detekována kauzální mutace v genu KMT2D. Všech 6 nalezených mutací bylo protein zkracujících, z toho dvě stop mutace a čtyři mutace posunující čtecí rámec. Mutace se nacházely v exonech 10, 16, 25, 31, 34 a 52 genu KMT2D. U všech pacientů byl dokázán či je na základě rodičů bez patologického fenotypu předpokládán vznik mutace de-novo. U 8 pacientů negativních na mutaci v KMT2D genu byl dále sekvenován i gen KDM6A, zde však nebyla zachycena žádná mutace.
U 8 pacientů, u kterých nebyla odhalena mutace ani změna v počtu kopií v kauzálních genech, bylo dále provedeno celogenomové vyšetření metodou array CGH. U jedné pacientky byla nalezena duplikace v rozsahu 6.6 Mb v oblasti Xp21.1-Xp21.3 zahrnující 37 HGNC genů, mezi nimiž jsou i geny ARX a IL1RAPL1 spojené s intelektuální nedostatečností a zavádějící zlom do oblasti genu DMD.
V rámci této studie byl zaznamenán podrobný fenotyp všech pacientů, bylo určeno numerické fenotypové skóre navržené dle Makrythanasis et al., 2013, dále byly porovnány fenotypové znaky mezi pacienty bez mutace a pacienty s mutací v dosud popsaných kauzálních genech, a nakonec byl porovnán fenotyp mezi jednotlivými pacienty s mutací. Mezi pacienty s mutací nebyl výrazný rozdíl ve fenotypu, což je pravděpodobně způsobeno tím, že jakákoli z protein zkracujících mutací vyřadila funkční metyltransferázovou doménu na C-konci proteinu. Fenotypové skóre pacientů s mutací bylo v průměru 8 (rozsah 7–9), u pacientů bez mutace 4.875 (rozsah 4–7). Dle Wilcoxonova testu je skóre výrazně vyšší u pacientů s mutací než u pacientů bez mutace (p=0.0012).
V závěru tak byla objasněna molekulární podstata onemocnění u 7 ze 14 pacientů se suspektním KS. V návaznosti na tuto studii se zpřesnila indikační kritéria, a ke genetickému testování KS kauzálních genů jsou indikování pouze pacienti s fenotypovým skóre dle Makrythanasise v rozmezí 6–9. Tato studie byla dále uzavřena s tím, že sekvenování KMT2D genu má nejvyšší diagnostickou výtěžnost a též array-CGH analýza má v případě pacientů s Kabuki-like syndromem své opodstatnění.
